Die wohl momentan größte Gefahr für die Honigbiene geht von der Varroamilbe aus. Diese wurde Anfang des 20. Jahrhunderts von Ostasien nach Europa eingeschleppt. In ihrer Heimat existiert zwischen der Varroa und der dort heimischen östlichen Honigbiene (Apis cerana) eine Koexistenz - die Milbe befällt nur die männlichen Bienen, die Drohnen. Die Arbeiterinnen (die den Großteil des Volks ausmachen) bleiben verschont. Die östliche Honigbiene konnte sich somit an diesen Parasit anpassen und dieser stellt keine Gefahr für sie dar.
Die bei uns heimische westliche Honigbiene hatte in ihrer Evolution leider keine Zeit sich an diesen Parasiten anzupassen und ist daher machtlos. Im Jahr 1977 wurde der erste Fall von Varroa in Deutschland gemeldet, seitdem hat sich die Milbe in ganz Deutschland (und Europa) ausgebreitet. Bis es möglicherweise in Zukunft eine Züchtung der westlichen Honigbiene gibt, die sich gegen die Varroa behaupten kann, versuchen Imker mit verschiedenen Mitteln die Auswirkung von Varroa zu reduzieren. Hierbei hat man sich einen Trick aus der Natur abgeschaut: Einige Vogelarten "baden" mit ihrem Gefieder in einem Ameisenhaufen. Die Ameisen greifen daraufhin den Eindringling mit ihrer Ameisensäure an, welche am Gefieder haften bleibt. Viele Milbenarten vertragen diese Säure nicht und sterben bei Kontakt ab. Der Imker nutzt daher diese Säure, um bei seinen Bienen den Varroabefall zu reduzieren. Weitere wichtige Mittel gegen die Varroa sind Milchsäure sowie Oxalsäure, welche ähnliche Ergebnisse liefern.
